Zamek powstał z fundacji króla Kazimierza Wielkiego w I poł. XIV w. Potwierdzają to zapiski kronikarzy Jana z Czarnkowa i Jana Długosza. Wcześniej w tym miejscu istniały założenia obronne datowane na okres kultury łużyckiej i wczesnego średniowiecza. Pierwotna nazwa zamku, Ociec u Skały, była wyrazem hołdu złożonego przez króla swemu ojcu, Władysławowi Łokietkowi. Z biegiem czasu jej brzmienie ulegało zmianom (m.in. Oczec, Ocziec i Oszyec), by w końcu przybrać współczesną postać słowa Ojców.
Najstarsza wzmianka o miejscowym burgrabim Zaklice pochodzi z 1370 r. W dawnej Polsce był to urzędnik mianowany przez władcę i odpowiedzialny za obronę zamku. Pod koniec XIV w. burgrabiowie podlegali starostom. Po śmierci króla Kazimierza Wielkiego starostwo ojcowskie wraz z zamkiem, jako zastaw długów państwa, było m.in. w posiadaniu: Szafrańców, Bonerów, Myszkowskich i Korycińskich. Prawdziwy okres świetności zamku przypadał na lata 1620-1630. Po przebudowie dokonanej przez Mikołaja Korycińskiego ozdobiły go piękne polichromie, mury i rzeźby. W 1655 r. warownię zdobyli Szwedzi, po czym założyli w niej magazyn broni i żywności. Latem 1787 r. Teofil Załuski – ostatni starosta ojcowski, podejmował tutaj króla Stanisława Augusta Poniatowskiego (5 lipca). Po 1829 r. zły stan zamku skłonił Konstantego Wolickiego do częściowej jego rozbiórki z zachowaniem obu wież oraz murów obronnych. W latach 40. IXX w. noszono się z zamiarem odbudowy warowni wg projektu Franciszka Marii Lanciego. Jednak ostatecznie pomysł ten zarzucono. Pod koniec XIX w. powrócił do niego Ludwik Krasiński, który zamierzał założyć tutaj muzeum archeologiczno-przyrodnicze.