Na terenie Ojcowskiego Parku Narodowego odkryto i skatalogowano do tej pory 737 jaskiń. To ponad jedna trzecia wszystkich jaskiń odkrytych na obszarze Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej, a tych zinwentaryzowano tam do tej pory około 1900. Najsłynniejsze jaskinie na terenie Parku to: Łokietka (320 m), Ciemna (209 m), Zbójecka (189 m), Sąspowska (100 m), Krakowska (96 m), Koziarnia (90 m) i Biała (84 m). Dwie pierwsze z wymienionych udostępnione są dla ruchu turystycznego. Warto tu również wspomnieć o powszechnie znanej Jaskini Nietoperzowej w Jerzmanowicach. Leży ona co prawda poza obszarem Ojcowskiego Parku Narodowego, ale na terenie LGD „Jurajska Kraina”.

Jaskinia Łokietka – znajduje się w Ojcowie, w północno-zachodnim zboczu Chełmowej Góry (rejon Doliny Sąspowskiej). Z parkingu poniżej ruin ojcowskiego zamku wiedzie w to miejsce szlak czarny (ok. 45 min) oraz nieco dłuższy – niebieski (ok. 50 min). Do wejścia jaskini prowadzi wąska szczelina skalna o długości 20 m. Łączna długość korytarzy i komór wynosi ok. 270 m, a temperatura wewnątrz utrzymuje się na stałym poziomie 7–8 °C. Największa komora jaskini zwana jest Sypialnią i ma wymiany 20×30 metrów. Mniejsza – tzw. Sala Rycerska – ma 25 m długości i 10 m szerokości. Z racji niefrasobliwego kiedyś podejścia do ochrony wnętrza słynnej jaskini, jej szata naciekowa jest dzisiaj bardzo uboga – została po prostu ogołocona przez dawne pokolenia turystów. A należy podkreślić, że Jaskinię Łokietka znano już od dawna. Pierwsze wzmianki na jej temat pochodzą z końca XVII wieku, a od końca XVIII wieku stanowi ona atrakcję turystyczną. W 1927 roku uznana została za zabytek. W 1987 roku w jej wnętrzu zainstalowano oświetlenie elektryczne. Rocznie odwiedza ją kilkadziesiąt tysięcy turystów.

Z Jaskinią Łokietka wiąże się legenda o wielkim jednoczycielu ziem polskich, który na początku XIV wieku miał się w niej schronić po ucieczce z Krakowa przed wojskami czeskiego króla Wacława II. Życie Łokietkowi miał uratować pająk, który zasłonił otwór jaskini pajęczyną, wprowadzając w błąd pościg. Pamiątką po tym wydarzeniu jest m.in. zamykająca wejście do jaskini brama w kształcie pajęczej sieci.

Jaskinia Ciemna – usytuowana jest w Ojcowie, w rejonie Skał Koronnych, nieopodal słynnej skały zwanej Rękawicą lub Pięciopalcówką. Z parkingu poniżej ruin zamku w Ojcowie wiedzie w to miejsce szlak zielony (ok. 35 min drogi). Wielu turystów zwiedza Jaskinię Ciemną zaraz po wizycie w Jaskini Łokietka. Obiekty te dzieli odcinek, na przebycie którego potrzeba około 30 minut. Jaskinia Ciemna uważana jest za największą na terenie Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej pod względem wielkości komory. Składa się z jednej olbrzymiej komory (80 m długości, 20 m szerokości i 10 m wysokości), która u końca zwęża się i przechodzi w tzw. Tunel. W sumie jaskinia ma 230 metrów długości. Środkową część komory zdobią wielkie kopulaste stalagmity, których wysokość sięga jednego metra. Strop pokryty jest licznymi stalaktytami rurkowymi. Jaskinię zamieszkują m.in. nietoperze – głównie podkowce małe. Temperatura powietrza utrzymuje się tu przez cały rok na poziomie 7-8 °C. Jaskinia Ciemna należy do najważniejszych stanowisk archeologicznych w Polsce. Najstarsze odkryte tam ślady człowieka (kultura prądnicka) pochodzą sprzed ok. 125 tys. lat. U wejścia do wewnątrz założył on swoje siedlisko. Miejsce to nazywane jest obecnie Oborzyskiem. Przed wejściem do jaskini znajduje się zrekonstruowane obozowisko neandertalczyków oraz platforma widokowa z panoramą na Dolinę Prądnika wraz z Bramą Krakowską. Widok jest rozległy, gdyż jaskinia znajduje się 65 m nad dnem Doliny Prądnika. W 1924 roku Jaskinia Ciemna została wpisana do rejestru zabytków. Jest nieoświetlona, więc zwiedzający przed wejściem otrzymują świeczki.

Jaskinia Nietoperzowa (Jerzmanowicka) – znajduje się w Jerzmanowicach, na terenie Parku Krajobrazowego Dolinki Krakowskie. Jej nazwa pochodzi od zamieszkujących ją licznie nietoperzy. Jaskinia położona jest 447 m n.p.m. Usytuowana jest w grupie skał górnej części Doliny Będkowskiej. Zaliczana jest do największych jaskiń Jury Krakowsko-Częstochowskiej. Łączna długość korytarzy i komór wynosi 376 m, a trasa udostępniana turystom obejmuje 306 m. Zwiedzanie jaskini ułatwia instalacja oświetleniowa. Na uwagę zasługuje zwłaszcza wodospad naciekowy w początkowej części jaskini oraz liczne kotły wirowe na stropie w głębszych jej częściach. W latach 70. XIX stulecia prowadzono w jaskini przemysłową eksploatację namuliska, używanego jako nawóz, co doprowadziło do zniszczenia pierwotnych osadów jaskini. Po II wojnie światowej prowadzono w Jaskini Nietoperzowej zakrojone na szeroką skalę badania archeologiczne. Odkryto wówczas, że jaskinia 38 tys. lat temu (górny paleolit) stanowiła obozowisko łowców niedźwiedzia jaskiniowego. Żyjący tu wówczas przedstawiciele homo sapiens byli twórcami odkrytych tutaj m.in. krzemiennych grotów i oszczepów, reprezentujących tak zwaną kulturę jerzmanowicką. Jaskinia stanowi obecnie własność prywatną. W jej wnętrzu kręcono sceny kilku filmów – m.in. fragment ekranizacji „Ogniem i mieczem” (porwanie Heleny w Czarcim Jarze).

Galeria - W krainie jaskiń